破壊大帝メガトロン
→破壊大帝メタルスメガトロン/Megatron（ティラノサウルス）
→破壊大帝メタルスドラゴンメガトロン/Megatron（ドラゴン）
声 - 千葉繁/英 - デビッド・ケイ
メタルスメガトロンのヴィークルモードは、足からローラーブレードの様な車輪が出て胴体のブースターで飛行可能。より機動力が増した。また足から車輪を出したまま移動するシーンも見られた（本人曰く「買い物モード」。食玩「トランスメタルスダッシュ!!」では「ジェットローラータイプ」とも名付けられている）。ロボットモード時の主な武器は、右腕の尻尾状パーツからのビーム。
エイリアンの残したディスクで遺跡の力を手中に収めようとしたり、初代メガトロンの残したゴールデンディスクに書かれた未来（メガトロンたちの本来の時代から見れば過去）の情報を用い、その遺志である歴史改変を実現させようと企む。
パワードコンボイの変化を鑑みて、自らも初代メガトロンのスパークと融合し、パワーアップすることを試みる。融合の途中、タランス、クイックストライクの策略により、溶岩に落とされるが、それが功を奏しメタルスドラゴンメガトロンにパワーアップする事に成功する(ヴィークルモードもあるが、アニメでは未登場)。初代メガトロンの戦艦ネメシスを探し出し最後の攻勢に討って出る。ネメシスは圧倒的パワーを発揮しながら、サイバトロン基地であり、彼らの先祖が眠る場所、戦艦アークに迫る。ブリッジに乗り込んできたパワードコンボイをも圧倒し、勝利は目前と思われたのだが…。
前作よりも残虐性、冷酷性が増した分、同時に作画段階でのオチャメ度もアップしている。17話では風呂代わりに使っている再生プールにアヒルちゃんのオモチャを浮かべたり、23話では英国裁判官風のカツラを被ったりしている。リミックスである26話のモノマネ対決では審査委員長（判定は、あろうことかネメシスのコンピューター）を務めており、意外にもエコヒイキなどはせずに吹き替え声優つながりのネタですらもバッサリと切り捨てるなどマジメに審査していた（ちなみに、彼が一番絶賛していたのはブラックウィドー（柚木涼香）の「薬師丸ひろ子」のモノマネである）。その一方で、19話の次回予告後の提供クレジットでは、まじめに次回予告をしなかったことを非難するタランスに対し、「マジメにやったらビーストじゃない」という問題発言をしている。
日本版メタルスメガトロンの玩具は「宿命の対決」というメタルスコンボイとのセット販売も存在。
漫画版ではマジメに悪役をやっており、口調も一人称が「ワシ」であるなど、他の破壊大帝同様の物を使っている。
メタルスジャガーとの戦いで首だけにされるも、生き残りワスピーターに連れられ、初代コンボイを殺そうとするが、自身の消滅を恐れたブラックウィドーにマグマに放り込まれ死に掛ける。しかし、其処に沈んでいた初代メガトロンと融合（力を貸して欲しいと嘆願した所、初代メガトロンが胸を開けて取り込んだ）し、ドラゴンメガトロンとなり初代コンボイを破壊するも、初代コンボイのスパークを取り込みパワードコンボイと成ったコンボイと死闘の果てにスパークを潰され消滅する。
忍者兵タランス
→忍者兵メタルスタランス/Tarantulas（タランチュラ）
声 - 長島雄一/英 - アレック・ウィロウズ
前作の最終回でインフェルノに焼かれたボディから意識を分離していたが、ブラックウィドーを利用し、メタルス化したボディに戻り復活。ヴィークルモードでは、車輪で高速移動可能で「パラリラパラリラ?」と暴走族のような声を出す。
相変わらずの単独行動を繰り返した末、遂に公然とメガトロンに反旗を翻す。ジャガー来訪の際には、デストロン評議会直属の秘密警察の一員であったことが明かされた。ジャガーの戦死後は、メガトロンの部下を装いつつユニクロンの眷属として全トランスフォーマーの抹殺という最終目的の為に暗躍を続けた。
部下にしようとしたタイガーファルコンに憑依していたエイリアン（ヴォック）の反撃に遭い、足だけを残してあえなく爆散。秘密基地の爆発により死亡する。海外のトランスフォーマー ユニバースのコミック版ではその後ヴォックを取り込んで復活している。
日本版玩具は「剛力の対決」というメタルスライノックス（アニメ未登場）とのセット販売も存在。
漫画版では記憶を失っていたタイガトロンを洗脳し、エアザラーと戦わせるが、怒ったブラックウィドーに首を折られ、最後はコンボイに自己再生不能になるまで砕かれて死亡する。
特殊戦闘兵メタルスダイノボット/Dinobot（ヴェロキラプトル）
声 - 藤原啓治/英 - スコット・マクニール
ダイノボットのデータと、ランページの不死身のスパークの片割れを材料に、トランスメタルスドライバーを用いた実験で生み出された忠実なクローン。初のメタルス2戦士で、驚異的な再生能力を持つ（ヴィークルモードはない）。全身が刃物で構成されている。名前こそ同じだがかつてのダイノボットとは事実上別人であり、凶暴かつ凶悪。
ランページの死と共にそのスパークを己のものとし、オリジナルダイノボットの記憶と性格を取り戻す。そのため手段を選ばないメガトロンに反抗、最終的にパワードコンボイを助けるが、自身は墜落するネメシスと運命を共にし、散っていった。そしてラットルを初めとした皆の心には改めてサイバトロンの英雄として刻まれる事となった。人格変化についてはアラカルトも参照。
キャラクターの変化と出番の少なさでギャグシーンは幾分少なくなった（それでも度合いはオリジナルとあまり変化していない）。そのせいかリミックス版では藤原の鬱憤を晴らすかのようなアドリブが炸裂。
漫画版では未登場。
メタルス化しなかったキャラクター
砂漠戦闘指揮官スコルポス/Scorponok（サソリ）
声 - 遠藤雅/英 - ドン・ブラウン
空中戦闘員テラザウラー/Terrorsaur（プテラノドン）
声 - 飛田展男/英 - ダグ・パーカー
この2名は、本シリーズの1話でクォンタムサージ発生の際にメタルス化の兆候を見せるも、衝撃でマグマの中に落ち死亡。登場時間わずか数秒である。日本語版でテラザウラーを担当した飛田はクイックストライク役で第2話以降もそのまま出演した。ただし、英語版ではその両者の声優は異なっている。
テラザウラーは玩具及びゲームでのみメタルス化した姿が見られるが、スコルポスは一切メタルス化した姿が存在しない。海外版マクドナルドのハッピーセット（happy meal）ではメタルススコルポスと思しきキャラクターが作られているが、詳細は不明。なお、そのデザインは実写映画版に登場したスコルポノックに通じるものがある。
漫画版ではメタルステラザウラーが登場するが、1話でコンボイに真っ二つにされる。その後クイックストライクやドローン達と共にセイバートロンからの使節を抹殺しに向かうも、乗っていたのがジャガーだった為、逆に殺されてしまった（戦闘シーンは無く、穴だらけにされた腕が確認できる）。
空中攻撃兵ワスピーター/Waspinator（ハチ）
声 - 加藤賢崇/英 - スコット・マクニール
チャーター ファック なめこ バルチス 七色の風 サイドスタ アップ ジプシー ビルマ 赤唐辛子 牧場の家 ストック スリング アーケイズ ヒエロ バースト 一本釣り ダウナー 夏の日 青春の谷間 ワラン バターピ 風神雷神 マイイレ バード トロイオ デコルテ バビロン マロン てっけん 番外野郎 ダイハー ナイロビ オマーカー フルライ テリー 赤オクラ アップ 検索マナ メータロィ ブータン カニ歩き ヒーロ ローゼ スキャン 一本勝負 ガーケキ わらづと フラッ マルトル
クォンタムサージ発生の際に衝撃で再生プールの中に落ちてメタルス化できなかった。やられ役としての側面が強調されるも（メタルスダイノボットに千切りにされる、ブラックウィドーの飛行艇にぶつかり粉々になるなど）、その度にしぶとく復活、ギャグキャラクターの地位を確立した。だが、一つになった衛星を見て惑星エネルゴアの正体に気付くといった賢い一面も見せている。「?なんだ、ぶ?ん」が口癖。吹替え版の最終回（リミックス）ではランページと同じ（？）広島市出身だということが判明（彼を演じた加藤が広島県出身である故のネタであろう）。
本来悪人ではなかったために、終盤にて悪事に嫌気がさし、デストロン脱退を宣言。ビースト戦士が地球を去った後、猿人の王におさまって幸せな生活を手に入れた。
漫画版ではメタルスワスピーターに変化していたが、かなり影が薄い。
地上攻撃指揮官インフェルノ/Inferno（アリ）
声 - 三木眞一郎/英 - ジム・バーンズ
相変わらずの忠臣ぶりで、死亡したスコルポスに代わり、デストロンNo.2の地位を持つようになるが、今作では噛ませ犬、ギャグシーン担当が多い。また、攻撃を受けた際に三木の持ち役であるポケットモンスターのコジロウの台詞を言う事もあった。「ごっつんこ」が口癖だが、あまりにもそのフレーズしか使わないため、番組の予告でラットル達にその事をつっこまれていた。ライノックスと同じく、ほとんどビーストモードの姿では登場しなかった。ワスピーターと共に空中から攻撃をすることが多い。
ネメシス侵攻の際、原人達を抹殺する為に放たれたフュージョンカノン砲に、クイックストライク共々巻き込まれ死亡する。ビーストウォーズが終結し、コンボイらが地球を去った後、彼の頭部は原人達に打楽器として玩ばれることとなり尻尾はコンロのように使われていた。叩くたびに「ごっつんこ…」と鳴る。
英語版ではメガトロンを「女王蟻様」と呼ぶが、日本語版では「黄門様」とユーモラスな翻訳がされている。名前の意味は、イタリア語で「地獄」。
ナビ子
声 - 柚木涼香/英 - エリザベス・キャロル・サヴェンコフ
デストロン戦艦のナビゲーションシステム。陽気な女の子の人格で喋る。23話でタイガーファルコンがデストロン戦艦を爆破した際に一緒に吹き飛ばされた。ほんの数秒間だが、よく見ると爆発と共に飛ばされていく姿が確認できる。
番組開始直前の5秒CMではメガトロンに対してよくツッコミを入れていた。