『ゼノギアス』は同社の『ファイナルファンタジーVII』（以下FFVII）とほぼ同時期に開発がスタートしたためか『裏FFVII』とも呼ばれる。FFVIIが採った、フルポリゴンによるキャラクターとプリレンダリングCG による一枚絵の背景とは正反対の方式を取ったためとも言われている。
メソッド ディスポ ワシン ナギイ 十字星 ケルセ ロービ はつい バナナの涙 鹿鳴つまみ 延暦 スーパー ハリケーン ノンブル タイム メラネシア メラルド スタンバイ ダイク スパン バックナ きゃべつ マスアミ ジャテラ ローフ レクイエム がいがん トリプシ リップ ハーピー ドラス ハゲイ トッカ リグナビ ハット チューリ ランド フラック ツンドラ せろりあ サフ たぬきじる め組最 エスキナ パスモ かたしな レジューム プラン オーバ ソビエト
テレビコマーシャルでは「聖剣伝説、ファイナルファンタジー、そして ゼノギアス」というキャッチコピーも使われた。ちなみにFFVII本編でクラウドが魔晄中毒になっている時、「百億の 鏡のかけら 小さな灯火 とらわれた 天使の歌声 ゼノギアス」と呟くシーンがある。このイベントを担当したのは途中でFFVIIの開発に加わった加藤正人。
また、『ゼノギアス』のストーリーには、元々FFVII製作初期段階に複数存在していたストーリー原案のうちの一つの要素を含む事でも有名である。高橋哲哉の案をボツにした坂口博信が別のゲームを担当するよう勧めた。そして『クロノ・トリガー2』チームとして発足したが諸般の事情でゼノギアスへと変更になった（クロノ・クロスのアルティマニアを参照）。ゼノギアス開発終了後、加藤正人の希望により製作された『クロノ・クロス』との多くの類似はスタッフの重複だけでなくこの事も関係している。初期案では牧歌的な内容であり、またその後、500年前を舞台にしたストーリー（エピソードIV）と今作のストーリー（エピソードV）の2本立てが考えられていた時期もあった。
「文化庁メディア芸術祭10周年企画 日本のメディア芸術100選」でアンケートの選択項目のリストに「ゼノギアス」の項目は無かったが、その他にふさわしいと思うものがあれば記入する自由記入欄による「ゼノギアス」への投票数が、エンターテイメント部門の自由記入欄投票の中で3位に選ばれた。また、『週刊ファミ通』の読者が選ぶアンケートでも、発売から数年経ってもランク内に入っていた。
作品の特徴
ストーリーは、他に類を見ない多数の伏線が散りばめられており、臨床心理学、パンスペルミア仮説、生物学、多くの科学用語、ニーチェ、ユング、キリスト教、ユダヤ教、社会問題、SF、映画、アニメ(特にロボットアニメ)、特撮などの様々な価値観や概念を織り交ぜた構成となっており、ストーリーにも深く関係し非常に難解なものとなっている。
またプレイステーション作品でありながら、作品の難解性とは裏腹にキャラクターボイスやクオリティの高い合計30分を超えるアニメーションムービーが採用されている。
作中について
冒頭のアニメーションから散りばめられた伏線はストーリーが進んでも回収されず、終盤に入り一気に謎の解明が行われる。その終盤にあたるDisc2では、サウンドノベルのように文章を読み進めていくシーンが続き、プレイヤーが操作するシーンは少ない。このようなモノローグ形式になったのは壮大なストーリーに対する容量や制作期間不足の側面も大きいと考えられている。
スクウェア作品で初めて声優によるキャラクターボイスを使用し、初めてエンディングテーマにヴォーカル曲を用いた。
「SMALL TWO OF PIECES 〜軋んだ破片〜」
歌/Joanne Hogg 作詞/加藤正人 作曲・編曲/光田康典
ゼノギアスのシステムには、ギアと呼ばれる人型メカが存在し、生身のキャラクターだけではなくギアでも戦闘を行う。生身の人間vsギアも可能。
トランプゲームのスピードや、バーチャロンのようなバトリングなどのミニゲームがある。
セーブ画面には進行具合が分かるようにアニメ作品のようなサブタイトルが付けられる。
ゲームシステム
装備・能力
キャラクター
徒手空拳で戦うキャラクターが多いが、武器を装備するキャラクターは武器の装備変更可能。武器によっては特殊効果や属性などがついている。
アクセサリは最大3つまで装備可能。防具もアクセサリと同じ枠内で装備することになる。アクセサリによっては、ギアにも効果がある。
ギア
エンジンは出力＝攻撃力と燃料の搭載量に影響する。ギアにはそれぞれ出力係数があり、これにエンジンの出力を掛けたものが攻撃力になる。
徒歩と同様、素手で戦うギアが多いが、武器を装備するギアは武器の装備変更可能。
フレームは、最大HP値の増減に関わる。
装甲は、防御力に影響。
ギアとギア用アクセサリには重量が設定されていて、重いギアなら重い装備でもあまり影響を受けないが、軽いギアが重い装備にすると大幅にスピードが下がりターンがなかなか周ってこなくなる。
戦闘
キャラクター
攻撃は、毎ターンAPというポイント（最大7）内の組み合わせで攻撃する。
弱攻撃はAP1、中攻撃はAP2、強攻撃はAP3を使って攻撃する。強力なほど命中率も低い。
それぞれの通常攻撃の使用回数がカウントされ、レベルと使用回数の条件によって必殺技を覚える。
連続攻撃の最後に強攻撃を使う場合、最後の攻撃が必殺技になる。特にAP7を使う組み合わせの必殺技は、超必殺技とされている。必殺技を使用しても何も消費はしないが、必殺技と一緒に出した連続攻撃が必殺技習熟のための使用回数にカウントされないデメリットがあるというシステムになっている。
使わなかったAPはその戦闘の間だけストックされ、APを消費して必殺技を連続で繰り出す「連殺」を使用可能。
「エーテル」（キャラによって「気功」や「秘術」など名称は様々）は魔法のようなもので、EPを消費して使用する。
ギアに搭乗可能な場所では、戦闘中にギアに搭乗することも可能。
ギア
攻撃は、燃料を消費して攻撃する。
徒歩と同じく、弱・中・強の3種類。消費燃料はそれぞれ10・20・30。強力なほど命中率が低い。
ギアの必殺技は徒歩の必殺技に対応していて、徒歩の必殺技を覚えることでより強力なギアの必殺技が使用可能になる。
攻撃するたびにアタックレベルが1上昇し、最大値は3。アタックレベル1から二連続攻撃が可能になり、アタックレベルと燃料を消費して必殺技が使える。アタックレベルを2以上にするには、攻撃を1回行い連続攻撃をキャンセルすればよい。それぞれのアタックレベルに3つの必殺技が用意されており、必殺技を使ったターンはアタックレベルは上昇しない。それぞれの必殺技のうち、強攻撃ボタンを押すことで発動する必殺技には「封印解除」というギアパーツの装備が必要。
物語がある程度進行すると、アタックレベル3の状態から一定確率でハイパーモードと呼ばれる状態に突入出来るようになる。アタックレベルは∞と表示され、一定ターンの間、強力な超必殺技が繰り出せる。ハイパーモード突入確率はHPが低いほど高くなる。ただし連続攻撃はできない。
人間サイズの敵には必殺技は使えず、踏み潰しなどの攻撃になる。
ギアは半永久機関で動いてる設定であり、チャージをすると燃料が回復する。燃料の回復量はアタックレベルが高いほど増加する。
「ブースト」を使用すると、毎ターン燃料を消費する代わりにターンが周ってくるのにかかる間隔が半分になる。
「エーテル機関」はエーテルのギア版で、EPを消費して使用する。ギアにはエーテル係数という値があり、これによって威力が増加する。
「特殊装置」は、燃料を大量消費して攻撃や回復などを行う。
ストーリー
一万年前、星間戦争が行われていた時代。
惑星ミクタムの衛星軌道を周回する工業衛星内において、開発段階にあった完全自立型の新兵器が意図しない暴走を起こす。その新兵器は工業衛星を破壊するにとどまらず、惑星ミクタムに侵攻し人類側に甚大極まりない被害を発生させた。人々は新兵器を停止させ各ブロックごとに分解し、生き残った人々と共に恒星間移民船エルドリッジに収容、移民と暴走事故の調査の為に他星系に向けて恒星間移動していた。
しかし、分解保存されていたはずの新兵器は再構成し恒星間移民船エルドリッジの中枢システムに侵入、航行システム及び火器管制システムを占領。搭乗していた人々の殺戮と、空間歪曲によるワープの実行を試みる。ワープ座標は、人類発祥の星、『ロスト･エルサレム』。地球だった。
艦長は最後の手段として整備用システムを強制始動、エルドリッジをブロックに分割しワープも失敗に終わる。そして幾多ものブロックに分解された移民船は、名も無き付近の惑星に墜落してゆく････。
創始暦9999年、北の大陸＜イグニス＞の西に位置している国家アヴェと、東に位置するキスレブは約300年もの長い間戦争を行い、人々は泥沼化した戦争の中でその火種さえ忘れかけていた。
両国は過去の遺跡からギア（オーパーツ）と呼ばれる巨大な人型戦闘兵器を発掘し、技術解析しながら戦争を拡大していった。戦局は遺跡の数が多かったキスレブが物量作戦で有利となっていったが、いまだ戦争を終結させるほどのものではなかった。
永きに渡る膠着を憂いたアヴェの王はキスレブとの和平を実現させつつあったが、宰相がクーデターを起こす。ゲブラーと呼ばれる高度な科学技術を持った正体不明の組織がアヴェ側に付き、アヴェが圧倒的不利だった戦局を五分まで回復させたのだった。
戦争とは関係の無い辺境の村ラハンで暮らしていたはずの主人公フェイは、"世界"の真実を目撃していくことになる。
登場人物
勢力・組織
本作の舞台となっている惑星は神聖ソラリス帝国によって、ソラリス本土が真上に存在する小島を中心に4つのエリアに大別されている。北東にアヴェ王国、ニサン、キスレブ帝国が存在するイグニスエリアが。北西には狩猟民族や遊牧民族が多いテランエリア。『教会』本部があり、「多島海エリア」と呼ばれているアクヴィエリアが南西に配し、イグニス大陸から比較的離れた位置の海域で、亡国エルルやゼボイムのマスドライバーがある中規模程度の大陸を中心とするアイリスエリアが南東にある。また、オープニングムービーから、惑星の周りに環があることが確認できる。
なお、年表はエルドリッジ墜落の年を元年とした『創始暦』という年号が一貫して使われている（作中では年号や「今年は創始暦?年」などの言及や記述は一切登場していない）。
神聖ソラリス帝国
惑星の赤道上の大気圏上層に浮かぶ国家にして、惑星全体を支配する世界唯一の超大国。帝都は反重力を使った空中都市エテメンアンキ。ゲートと呼ばれる歪曲空間障壁によって守られているため外部からその姿は視認できず、内部では強固な階級社会を維持している。高度な科学技術を保有し、軍事組織である帝室特設外務庁（通称ゲブラー）や地上の表向きは宗教組織である帝室特設教務庁（通称「教会」）を用いて地上にも大きな影響力を有する。尚、国家維持に必要な資源などは「教会」を通じて地上から得ており、労働力に関しても地上人を「教会」が拉致し、洗脳を施した上で第三市民階級（通称「働きバチ」）として働かせているなど経済面で地上に大きく依存している。表面上のソラリスの統治者は天帝カインであるが、実際実権を握っているのは地上人のカレルレンである。